孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，女性体内孕酮由卵巢、胎盘和肾上腺皮质产生。如果卵巢黄体功能不全，就可能导致孕酮分泌不足，这种情况在一些内分泌失调的女性中较为常见。另外，胚胎发育异常也可能引发孕酮低，比如胚胎染色体异常等情况，大约有50% - 60%的自然流产与胚胎染色体异常有关，而胚胎异常时往往会伴随孕酮水平偏低。
内分泌系统因素
卵巢功能问题：卵巢是分泌孕酮的重要器官，如果卵巢出现病变，像卵巢早衰，会影响卵巢的正常功能，导致孕酮合成减少。研究发现，卵巢早衰患者中约有一定比例存在孕酮低的情况。垂体功能异常：垂体分泌的促性腺激素会影响卵巢的功能，如果垂体出现问题，比如垂体肿瘤等，会干扰促性腺激素的分泌，进而影响卵巢分泌孕酮，导致孕酮水平降低。
胚胎相关因素
胚胎染色体异常：当胚胎染色体出现数目或者结构异常时，会影响胚胎的正常发育，此时母体的孕酮水平往往会偏低。这种情况在早期妊娠中较为常见，据统计，早期流产的胚胎中约有一半存在染色体异常，同时伴随孕酮低的现象。胚胎发育不良：即使胚胎染色体正常，但如果在发育过程中受到外界因素影响，比如接触有害物质、感染等，导致胚胎发育不良，也可能引起孕酮分泌不足，出现孕酮低的情况。
其他因素
不良生活方式：长期熬夜、过度劳累等不良生活方式会影响内分泌系统的正常功能，进而影响孕酮的分泌。有研究表明，长期熬夜的女性比作息规律的女性孕酮水平偏低的概率要高。疾病影响：一些疾病也会导致孕酮低，比如甲状腺功能减退症，甲状腺功能异常会干扰体内的激素平衡，影响孕酮的合成与分泌；另外，肾上腺疾病等也可能影响到与孕酮分泌相关的内分泌调节，从而导致孕酮水平降低。