一、内分泌功能失调
（一）卵巢功能异常
女性卵巢是产生孕酮的重要器官，若卵巢本身存在问题，如卵巢黄体功能不全，会使得黄体分泌孕酮的量不足。从年龄角度来看，随着女性年龄增长，卵巢功能逐渐衰退，卵巢合成孕酮的能力也会下降，这在35岁以后的女性中相对更为明显。例如，有研究发现，育龄期女性中约有一定比例因卵巢黄体功能不全出现孕酮低的情况。
（二）垂体功能问题
垂体分泌的促性腺激素等会影响卵巢的功能进而影响孕酮的分泌。垂体病变可能导致促性腺激素分泌异常，从而使卵巢分泌孕酮的水平受到影响。一些患有垂体肿瘤等垂体疾病的女性，可能会出现孕酮低的状况，不同年龄的女性都可能受到垂体功能问题的影响，但在育龄期女性中因垂体功能异常导致孕酮低的情况也较为常见。
二、疾病因素
（一）甲状腺功能异常
甲状腺与女性生殖内分泌有着密切的联系。甲状腺功能减退时，会影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，进而导致孕酮分泌减少。在不同年龄段的女性中都可能发生甲状腺功能异常，例如成年女性中甲状腺功能减退的发病率有一定比例，其中部分患者会伴随孕酮低的情况。
（二）肾上腺疾病
肾上腺也参与了激素的合成代谢，肾上腺皮质疾病可能会干扰孕酮的合成。如先天性肾上腺皮质增生症等肾上腺疾病，会影响体内激素的正常平衡，导致孕酮水平降低。这种情况在儿童期若患有相关肾上腺疾病时就可能出现孕酮低的问题，不同性别都可能患病，但在有遗传因素影响的儿童中需特别关注。
三、生活方式因素
（一）过度劳累
长期的过度劳累会影响身体的内分泌调节机制。女性长期处于高强度的工作、生活状态下，身体处于应激状态，会干扰下丘脑-垂体-卵巢轴的正常功能，使得孕酮分泌受到影响。无论是年轻女性还是中老年女性，长期过度劳累都可能导致孕酮低的情况出现，例如一些工作压力大、经常加班熬夜的女性。
（二）不良饮食习惯
长期的不良饮食习惯，如过度节食导致营养摄入不均衡，缺乏必要的营养素，会影响激素的合成。例如缺乏足够的维生素C、维生素E等营养素时，可能会影响孕酮的合成过程。不同年龄、性别的人群都可能因不良饮食习惯导致孕酮低，尤其是处于生长发育阶段的青少年女性或减肥人群更易出现这种情况。
四、其他因素
（一）怀孕相关情况
在怀孕早期，若出现孕酮低的情况，可能与胚胎着床及发育等因素有关。对于孕妇来说，胚胎发育异常等情况可能导致黄体分泌孕酮不足。从年龄角度，育龄期有怀孕计划的女性在怀孕早期需密切关注孕酮水平，若孕酮低可能增加流产等风险。
（二）药物影响
某些药物的使用可能会干扰体内孕酮的水平。例如长期使用某些糖皮质激素类药物等，可能会对内分泌系统产生影响，进而导致孕酮分泌异常。不同年龄、性别因治疗需要使用相关药物时，都需要关注药物对孕酮水平的影响，尤其是长期用药的患者。