黄体功能不全通常与多种因素相关。一般来说，内分泌失调是导致黄体功能不全的重要原因之一，比如下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节功能出现异常，可能影响黄体的正常发育和功能维持。
内分泌因素影响
垂体分泌异常： 垂体分泌的促黄体生成素（LH）、促卵泡生成素（FSH）等激素水平失衡，会干扰黄体的形成和功能。例如，当LH分泌不足时，就可能无法有效促进黄体的正常发育。卵巢自身问题： 卵巢中的卵泡发育不良，会影响黄体的形成。比如卵泡期过长或过短，都可能导致黄体功能出现异常。而且卵巢存在一些疾病，像多囊卵巢综合征等，也会干扰黄体的正常功能。
子宫内膜因素关联
子宫内膜受体异常： 子宫内膜对孕激素的反应性降低，即使有黄体分泌孕激素，子宫内膜也不能做出正常的反应，从而影响胚胎的着床和发育，进而体现出黄体功能不全的问题。子宫内膜容受性差： 子宫内膜的容受性对于胚胎着床至关重要，如果子宫内膜容受性差，也可能与黄体功能不全有一定关联，因为黄体分泌的孕激素需要作用于子宫内膜来创造良好的着床环境。
其他潜在因素
酶系统紊乱： 体内一些与孕激素合成相关的酶系统出现紊乱，会影响孕激素的合成，从而导致黄体功能不全。例如，与孕激素合成有关的某些酶活性降低或异常，就可能干扰黄体分泌足够的孕激素。精神心理因素： 长期的精神紧张、焦虑等不良情绪，可能通过神经内分泌系统影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴，进而影响黄体功能。有研究发现，长期处于精神压力大状态下的女性，黄体功能不全的发生率可能会有所升高。