萎缩性胃炎的治疗药物需根据病情来选，常用的有胃黏膜保护剂、抑酸剂等。比如铝碳酸镁，它能迅速中和胃酸，保护胃黏膜，一般能缓解胃部不适症状；还有枸橼酸铋钾，可在胃黏膜表面形成保护膜，促进黏膜修复。
胃黏膜保护剂类药物
铝碳酸镁：能快速中和胃酸，持续时间约1 - 2小时，可缓解胃痛、胃灼热感等症状，通常成人一次1 - 2片，一日3 - 4次，在餐后1 - 2小时、睡前或胃部不适时服用。枸橼酸铋钾：服用后在胃内形成不溶性沉淀，牢固地黏附于上皮细胞和溃疡基底膜上，抵御胃酸和酶的侵袭，一般每日分2次服用，早晚各一次。
抑酸剂类药物
质子泵抑制剂：像奥美拉唑，能特异性地抑制胃壁细胞H+-K+-ATP酶的活性，从而抑制胃酸分泌，作用时间较长，可达24小时以上，常用于治疗萎缩性胃炎伴胃酸分泌过多的情况，一般成人一次20mg，一日1 - 2次。H2受体拮抗剂：例如雷尼替丁，通过竞争抑制壁细胞基底膜的H2受体，减少胃酸分泌，一次150mg，一日2次，早晚服用。
促胃肠动力类药物
多潘立酮：可促进胃排空，增强胃窦和十二指肠运动，协调幽门的收缩，一般成人一次10mg，一日3次，建议在饭前15 - 30分钟服用。莫沙必利：能促进乙酰胆碱的释放，刺激胃肠道而发挥促动力作用，改善消化不良症状，成人一次5mg，一日3次，饭前服用。
抗幽门螺杆菌药物
如果萎缩性胃炎伴有幽门螺杆菌感染，需要进行抗幽门螺杆菌治疗，常用方案是质子泵抑制剂+铋剂+两种抗生素，比如奥美拉唑+枸橼酸铋钾+阿莫西林+克拉霉素，不过具体用药需根据患者情况，由医生制定方案，因为抗生素的选择要考虑耐药情况等因素。