羊水穿刺查出染色体有问题时，有不同情况及相应处理方式。如果是单纯的染色体多态性变异且无其他异常，通常可继续妊娠；但若染色体异常严重则可能需终止妊娠。
一、继续妊娠
羊水穿刺可及时掌握胎儿发育状况。当检查结果仅为单纯的染色体多态性变异，且B超检查其他项目正常，胎儿未出现明显异常时，一般可继续妊娠保留胎儿。染色体多态性变异是胎儿染色体的微小变异，多属正常变异，通常不会导致表型异常，所以无需过度担忧。
二、终止妊娠
羊水穿刺是抽取少量羊水检测，能查看胎儿是否存在染色体异常。若胎儿染色体异常情况严重，比如出现染色体条数的缺失或重复，涉及重要基因，那么胎儿出生后可能出现智力下降或严重身体畸形，在妊娠期间于宫腔中死亡的概率也较高，这种情况下一般建议终止妊娠。
通常，高龄产妇或唐氏综合征高风险、超声检查异常的产妇需要进行羊水穿刺，以了解胎儿的染色体情况，诊断胎儿是否患有染色体疾病、遗传性疾病等。如果怀疑胎儿存在染色体异常情况，建议产妇遵医嘱进行羊水穿刺检查，以明确胎儿健康状况。
总之，羊水穿刺发现染色体问题后，要根据具体情况判断是否继续妊娠或终止妊娠，而对于特定产妇群体，进行羊水穿刺检查有重要意义。