布加综合征主要是由多种因素引起的，其中先天性血管异常是常见原因之一，比如下腔静脉隔膜形成，据统计，约有30% - 50%的布加综合征患者存在下腔静脉隔膜这一先天性异常。
先天性因素
下腔静脉发育异常： 除了隔膜形成，下腔静脉本身的狭窄、闭锁等发育异常也可能引发布加综合征。胎儿在发育过程中，下腔静脉的正常结构形成出现障碍，就可能导致这类问题。肝静脉发育异常： 肝静脉的先天性狭窄、缺如等情况，会影响血液从肝脏向心脏的回流，进而引发布加综合征。
后天性因素
血液高凝状态： 某些疾病会导致人体血液处于高凝状态，比如骨髓增殖性疾病患者，体内血小板等成分异常，血液容易形成血栓，从而可能堵塞肝静脉或下腔静脉，引发布加综合征。长期口服避孕药的女性，也可能因药物影响出现血液高凝倾向，增加患病风险。腹腔内感染： 腹腔内的感染，像阑尾炎、胰腺炎等炎症性疾病，炎症蔓延可能波及血管，引起血管的炎症反应，导致血管狭窄或闭塞，引发布加综合征。例如，严重的阑尾炎反复发作，炎症刺激可能影响到附近的下腔静脉或肝静脉。
其他因素
肿瘤压迫： 腹腔内的肿瘤，如肝癌、肾癌等，有可能直接压迫下腔静脉或肝静脉，使血管的通畅性受到影响，进而引发布加综合征。肿瘤不断生长，对周围血管造成压迫，阻碍血液正常流动。外伤： 腹部受到严重外伤时，可能导致下腔静脉或肝静脉受损，出现血管的损伤、破裂等情况，后期修复过程中可能形成血栓或导致血管狭窄，引发布加综合征。比如高处坠落导致腹部撞击，造成血管损伤。