肺脓肿的病原菌较为多样，常见的需氧和兼性厌氧菌中，肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌等较为常见。其中，肺炎链球菌在社区获得性肺脓肿中占一定比例，而金黄色葡萄球菌引起的肺脓肿往往病情相对较重。
需氧和兼性厌氧菌相关病原菌
肺炎链球菌： 是革兰阳性球菌，常引起社区获得性肺脓肿。它可通过呼吸道侵入肺部，引发感染形成脓肿。一般来说，在社区感染人群中，肺炎链球菌导致肺脓肿的情况时有发生。金黄色葡萄球菌： 属于革兰阳性菌，其产生的毒素等会加重肺部组织的破坏，容易造成肺组织的坏死形成脓肿。由金黄色葡萄球菌引起的肺脓肿，患者往往起病较急，病情相对较重。
厌氧菌相关病原菌
口腔厌氧菌： 口腔中存在大量厌氧菌，当患者有误吸情况时，口腔中的厌氧菌容易被吸入肺部引发感染。比如吸入性肺脓肿中，口腔厌氧菌如消化链球菌、普雷沃菌属等常是重要的病原菌。这些厌氧菌在厌氧环境下生长繁殖，导致肺部组织感染形成脓肿。梭形杆菌和螺旋体： 也是常见的引起肺脓肿的厌氧菌。它们可通过误吸等途径进入肺部，引起肺部的化脓性炎症，进而形成脓肿。
其他病原菌情况
革兰阴性菌： 像肺炎克雷伯杆菌等革兰阴性菌也可能导致肺脓肿。肺炎克雷伯杆菌引起的肺脓肿在医院获得性感染中可见，它可在肺部定植繁殖，破坏肺组织引发脓肿。铜绿假单胞菌： 属于条件致病菌，在一些免疫功能低下、长期住院或有基础肺部疾病的患者中，铜绿假单胞菌可引起肺脓肿。它具有较强的耐药性，给治疗带来一定挑战。