亚急性甲状腺炎常见症状多样，一般起病前1~3周常有上呼吸道感染病史。患者最典型的症状之一是甲状腺部位疼痛，这种疼痛可从一侧开始，很快波及另一侧，甚至整个甲状腺，疼痛程度不一，有的像隐痛、胀痛，有的则较为剧烈，能放射至耳部等部位，通常持续1~7天，少数患者疼痛时间会更长。
甲状腺功能变化相关症状
甲亢表现阶段：约50%的患者会出现甲亢相关症状，比如心慌，心跳可能会加快，每分钟能达到90~120次左右；还会怕热，比正常人更易感觉炎热；情绪也容易激动，容易烦躁不安等。这是因为甲状腺被炎症破坏后，甲状腺激素释放到血液中增多导致的。甲减表现阶段：在疾病后期，部分患者会出现甲减症状，像乏力，感觉浑身没劲儿；怕冷，比平时更怕寒冷；食欲减退，食量较以往减少；还可能出现记忆力减退等情况，这是因为甲状腺激素合成减少引起的，但这种甲减大多是暂时性的，持续时间一般数周或数月。
全身症状表现
患者往往会有全身不适的感觉，比如发热，体温一般在38℃左右，少数患者体温可达到39℃以上；还会有肌肉疼痛，尤其是颈部周围的肌肉，或者四肢肌肉也可能受累；有的患者会出现头痛、乏力等症状，这些全身症状会随着甲状腺炎症的好转而逐渐减轻。