怀孕一般即指妊娠，小肚子通常所指的是小腹。妊娠两个月时小腹隐隐作痛，可能由以下原因造成。
一、子宫增大：妊娠两个月的时候，体内激素水平有较大变化，且胚胎持续生长，会使子宫增大。子宫增大后其周围韧带会受到牵拉，从而引起小腹部疼痛。这属于正常生理现象，通常无需特别处理。
二、先兆流产：妊娠两个月处于妊娠早期，此时胚胎不太稳定，如果情绪过激或受到外界物理刺激等，容易引发先兆流产。其表现为阴道出血，多为少量出血或褐色分泌物，同时伴有小腹疼痛。可遵医嘱使用保胎无忧片、保胎灵胶囊等药物来缓解症状。
三、异位妊娠：若呈现小腹部一侧疼痛，并伴有不规则阴道出血，有可能是发生了异位妊娠。可在医生指导下服用米非司酮片、甲氨蝶呤片等药物进行治疗。
此外，还可能有其他原因，如葡萄胎、子宫肌瘤、盆腔癌等。若不适症状较为严重，建议及时前往医院就诊。
总结：妊娠两个月小腹隐痛可能由子宫增大等多种原因引起，若症状严重应及时就医检查，明确具体原因后采取相应的治疗措施。