怀孕三个月腹部隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现牵拉痛或不适感，通常为轻微的隐痛或胀痛，休息后可缓解。
2.韧带牵拉：随着子宫的增大，子宫圆韧带被牵拉，可能会引起腹部隐痛或牵扯感，尤其在变换体位时更为明显。
3.激素变化：怀孕后，体内激素水平会发生变化，这也可能导致腹部不适。
4.其他：如果腹部隐痛同时伴有阴道出血、破水、发热等症状，可能是其他问题引起，如先兆流产、感染、阑尾炎等，需要及时就医。
需要注意的是，每个孕妇的情况都可能不同，如果腹部隐痛持续不缓解或伴有其他异常症状，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以确保孕妇和胎儿的健康。
在孕期，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和过度劳累，保持良好的心态，均衡饮食，按时进行产前检查。如果出现异常情况，应及时就医，遵循医生的建议进行治疗和处理。