卵巢囊肿的治疗方法需根据囊肿的性质、大小、患者年龄等因素来定。一般来说，直径小于5厘米且无症状的生理性囊肿，有可能自行消失，通常3~6个月复查一次B超观察变化。
一、观察随访
无症状小囊肿： 如果囊肿直径小于5厘米，且超声提示为单纯性囊肿，没有明显症状，通常建议每3~6个月复查一次超声，观察囊肿大小变化。比如，一些功能性囊肿可能会在月经周期变化中自然消退。绝经后女性囊肿： 绝经后的女性发现卵巢囊肿，由于此时卵巢肿瘤的可能性相对增大，需要更加密切地随访，可能需要更频繁地复查超声等检查。
二、药物治疗
炎症性囊肿： 如果是由盆腔炎性疾病引起的炎性囊肿，可能会使用抗生素治疗。例如，对于由细菌感染导致的盆腔炎性囊肿，会根据药敏试验选择合适的抗生素，如头孢类抗生素联合甲硝唑等，通过控制炎症来使囊肿缩小。但药物治疗一般适用于囊肿较小且炎症明确的情况。激素相关囊肿： 对于一些与激素相关的囊肿，如子宫内膜异位囊肿，可能会使用避孕药等药物来调节激素水平，抑制囊肿生长。不过药物治疗的效果因人而异。
三、手术治疗
囊肿较大或有症状： 当囊肿直径大于5厘米，或囊肿持续存在超过3~6个月，或者囊肿引起腹痛、月经紊乱等症状时，通常需要手术治疗。手术方式有多种，如卵巢囊肿剥除术，适用于希望保留生育功能的患者；对于年龄较大、无生育要求的患者，可能会考虑患侧卵巢切除术或全子宫及双侧附件切除术等。手术可以通过腹腔镜手术（微创手术）或开腹手术进行，腹腔镜手术具有创伤小、恢复快等优点，多数患者可以选择腹腔镜下卵巢囊肿手术。