卵巢囊肿的治疗需根据囊肿的性质、大小等情况来定。一般来说，直径小于5厘米的生理性囊肿，有一定几率自行消失，可不做特殊处理，定期（通常3~6个月）复查B超观察变化就行。
生理性囊肿如何处理
排卵后形成的囊肿：女性排卵后形成的黄体囊肿比较常见，多数在月经干净后会缩小或消失，一般观察等待即可，无需用药。滤泡囊肿：卵泡发育异常形成的滤泡囊肿，若直径较小，也有自行消退的可能，同样定期复查B超监测大小变化。
病理性囊肿的手术治疗
囊肿较大或持续存在：当囊肿直径大于5厘米，或怀疑为病理性囊肿（如巧克力囊肿、浆液性囊腺瘤等）时，多需要手术治疗。手术方式有腹腔镜手术和开腹手术，腹腔镜手术创伤小，恢复快，通常术后1周左右可基本恢复。巧克力囊肿手术：对于巧克力囊肿，手术是主要治疗手段之一，术后可能需要使用药物来降低复发几率，比如GnRH-a类药物，但具体用药需遵医嘱。
药物治疗的情况
炎症性囊肿：如果是由炎症引起的囊肿，可能会使用抗生素进行治疗。但抗生素的使用需根据感染的病原体等情况由医生选择合适的药物，一般用药疗程可能需要7~14天左右，但药物治疗炎症性囊肿时，也需结合囊肿大小等综合判断是否能单纯靠药物消除。内分泌相关囊肿：因内分泌失调导致的囊肿，可能会用到调节内分泌的药物，不过药物治疗效果因人而异，且一般作为辅助治疗手段，配合定期监测囊肿变化。