卵巢囊肿的治疗方法需根据囊肿性质、大小等因素决定。一般来说，直径小于5厘米的生理性囊肿，有一定自行消失的可能，可定期复查，观察2~3个月经周期，多数可自行消退。
生理性囊肿的观察随访
小尺寸生理性囊肿：像滤泡囊肿和黄体囊肿，很多是因为卵巢的正常生理变化形成的，直径通常小于5厘米。一般建议在月经干净后复查超声，多数会在2~3个月经周期内自行消失，这期间要避免剧烈运动，防止囊肿扭转。
手术治疗的情况
囊肿较大或持续存在：如果囊肿直径大于5厘米，或者持续存在超过3个月经周期，多考虑为病理性囊肿，可能需要手术治疗。手术方式有腹腔镜手术和开腹手术等。腹腔镜手术创伤小，恢复快，一般术后1周左右基本能恢复日常活动，但术后要注意保持伤口清洁，预防感染。
药物治疗的辅助情况
炎症性囊肿：对于一些由炎症引起的卵巢囊肿，可能会使用抗生素等药物辅助治疗。比如明确是细菌感染导致的炎性囊肿，会根据药敏试验选择合适的抗生素，但药物治疗一般作为手术的辅助手段，单独靠药物消除囊肿的情况相对较少。
特殊人群的注意事项
育龄期女性：如果是有生育需求的女性发现卵巢囊肿，需要谨慎选择治疗方案，手术尽量要考虑对卵巢功能和生育的影响。比如尽量选择对卵巢功能影响小的手术方式，以提高日后受孕的几率。绝经后女性：绝经后女性出现卵巢囊肿，要高度警惕恶性病变的可能，因为绝经后卵巢囊肿恶变风险相对较高，一旦发现应尽早评估手术等治疗方案。