睡觉睡久了头痛可能是多种原因导致的。一般来说，睡眠超过90分钟进入深睡眠阶段后，突然醒来就容易出现头痛，这是因为大脑血管舒缩功能紊乱引起的。
一、睡眠节律被打乱
睡眠周期影响： 人体的睡眠是有周期的，通常一个睡眠周期约90 - 110分钟。如果长时间睡眠，超过了正常的睡眠周期，突然醒来时，大脑还没有从深度睡眠状态很好地切换过来，就可能引发头痛。比如，连续睡了3 - 4个睡眠周期后醒来，就比较容易出现这种情况。激素分泌变化： 长期睡眠过长会干扰体内激素的正常分泌节律。例如，褪黑素的分泌在正常睡眠中是有规律的，睡眠过长会使褪黑素分泌紊乱，进而影响血管的调节功能，导致头痛发生。
二、脑部供血问题
血流速度改变： 睡眠时，人体的血液循环速度相对较慢，脑部供血也处于相对平稳状态。但睡久了后突然醒来，脑部血流速度会快速改变，可能导致脑部供血一时不均衡，从而引发头痛。就像突然从静止状态快速起身会头晕一样，睡久后突然醒来也可能因脑部供血变化出现头痛。脑脊液循环影响： 睡眠过程中脑脊液的循环也有一定规律，睡太久会影响脑脊液的正常循环代谢，使得脑部一些代谢废物不能及时被清除，堆积后刺激神经，引发头痛。
三、肌肉紧张因素
颈部肌肉紧张： 长时间睡眠时，颈部肌肉处于持续放松甚至过度放松的状态，睡醒后颈部肌肉可能因为长时间保持不当姿势而紧张，进而牵扯到头部，引起头痛。比如，睡觉时枕头不合适，导致颈部肌肉一直处于扭曲状态，睡久后就容易出现头痛。头部肌肉紧张： 睡眠过长还可能使头部肌肉长时间处于松弛后又突然被激活的状态，肌肉紧张度改变会引发头痛。尤其是那些本身就有颈部或头部肌肉劳损的人，睡久了更容易出现这种头痛情况。