阴茎隐隐作痛的原因可能有以下几点：
1.感染：细菌、真菌、病毒等感染都可能导致阴茎疼痛，如尿道炎、前列腺炎、附睾炎等。此外，性传播疾病如淋病、梅毒等也可能引起阴茎疼痛。
2.外伤：阴茎受到外力撞击、挤压、切割等损伤，可能导致阴茎疼痛。此外，过度自慰或性生活过于激烈也可能引起阴茎损伤。
3.结石：阴茎内或附近的结石，如尿道结石、阴茎结石等，可能引起阴茎疼痛。
4.肿瘤：阴茎肿瘤、前列腺癌等也可能导致阴茎疼痛。
5.其他原因：精索静脉曲张、包茎、包皮过长等也可能引起阴茎疼痛。
如果出现阴茎隐隐作痛的情况，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定病因并采取相应的治疗措施。在就医前，应注意保持阴茎清洁，避免过度自慰或性生活，避免食用辛辣刺激性食物。