阴茎隐隐作痛可能由多种原因引起，以下是一些常见的病因：
1.感染：细菌、病毒、真菌等感染均可导致阴茎疼痛，例如尿道炎、龟头炎、前列腺炎等。感染会引起炎症反应，导致阴茎组织红肿、疼痛。
2.外伤：阴茎受到直接的外伤或损伤，如挫伤、割伤、咬伤等，可能会引起疼痛。此外，过度自慰或性生活过猛也可能导致阴茎损伤。
3.阴茎疾病：某些阴茎疾病，如包茎、包皮过长、阴茎硬结症等，也可能导致阴茎疼痛。包茎或包皮过长可能导致包皮垢积聚，刺激龟头引起疼痛；阴茎硬结症会使阴茎勃起时疼痛。
4.泌尿系统结石：尿道结石、前列腺结石等泌尿系统结石可刺激尿道或前列腺，引起阴茎放射性疼痛。
5.其他原因：精索静脉曲张、附睾炎、阴茎肿瘤等也可能导致阴茎疼痛。
针对阴茎隐隐作痛的原因，治疗方法因病因而异。以下是一些常见的治疗方法：
1.药物治疗：根据病因，医生可能会开具抗生素、消炎药、镇痛药等药物进行治疗。
2.手术治疗：对于某些严重的病因，如包茎、阴茎肿瘤等，可能需要手术治疗。
3.其他治疗：保持阴茎清洁、避免过度刺激、治疗原发病等也是治疗阴茎疼痛的重要措施。
如果阴茎疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如尿频、尿急、尿痛、排尿困难、发热等，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以便确定病因并采取适当的治疗方法。同时，注意个人卫生，避免不洁性行为，有助于预防阴茎疼痛的发生。