胆汁反流性胃炎通常是多种因素共同作用导致的。一般来说，约60%的患者是因为幽门括约肌功能失调，使得含有胆汁、胰液等十二指肠内容物反流入胃，损伤胃黏膜引发炎症；另外，胃大部切除术后、幽门螺杆菌感染等也可能诱发该病。
一、幽门括约肌功能失调因素
解剖结构异常： 正常情况下，幽门括约肌能防止十二指肠内容物反流，但如果该括约肌出现功能障碍，比如松弛等情况，就容易让十二指肠内的胆汁等反流至胃内。据统计，约有40%因幽门括约肌功能失调导致胆汁反流性胃炎的患者，在胃镜检查时能发现括约肌存在明显异常。胃肠动力紊乱： 胃肠蠕动节律异常也会影响幽门括约肌的功能，进而导致胆汁反流。比如胃排空延迟时，十二指肠内容物在胃内停留时间延长，增加了反流的机会。
二、手术因素
胃大部切除术影响： 进行过胃大部切除术后，原有的解剖结构被改变，胆汁等更容易反流到胃内。一般在胃大部切除术后的患者中，约有20% - 30%会发生胆汁反流性胃炎。因为手术改变了幽门的正常位置和功能，使得胆汁等反流的屏障被破坏。迷走神经切断术影响： 迷走神经切断术也可能影响胃肠道的正常运动功能，从而增加胆汁反流的风险，进而引发胃炎。
三、幽门螺杆菌感染因素
破坏胃黏膜屏障： 幽门螺杆菌感染会损伤胃黏膜的保护屏障。研究发现，感染幽门螺杆菌的患者中，约有30%左右会出现胆汁反流性胃炎的情况。幽门螺杆菌产生的一些酶和毒素会削弱胃黏膜对抗反流胆汁等刺激的能力，使得胆汁更容易损伤胃黏膜，引发炎症反应。影响胃肠激素分泌： 幽门螺杆菌感染还可能影响胃肠激素的分泌，导致胃肠动力等发生改变，间接促进胆汁反流的发生，进而诱发胃炎。