毛囊炎的治疗药物需根据病情来选，一般细菌感染引起的毛囊炎可以用抗生素类药物，比如莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长，对轻症的毛囊炎有较好效果；如果是真菌感染导致的毛囊炎，像酮康唑乳膏就有抗真菌的作用。
细菌感染性毛囊炎常用药
莫匹罗星软膏：这是外用抗生素，适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，直接涂抹在毛囊炎患处，能有效抑制细菌繁殖。夫西地酸乳膏：也是针对细菌感染的外用药物，对引起毛囊炎的常见细菌有良好的抗菌活性，可涂抹于患处，一天使用数次。
真菌感染性毛囊炎常用药
酮康唑乳膏：属于抗真菌药物，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用，能治疗由马拉色菌等真菌引起的毛囊炎，外用涂抹在患处。特比萘芬乳膏：同样是抗真菌药，能抑制真菌角鲨烯环氧化酶，干扰真菌固醇的早期生物合成，从而发挥抗真菌活性，用于治疗真菌性毛囊炎，局部涂抹。
严重毛囊炎的口服药情况
如果毛囊炎比较严重，可能需要口服药物。比如细菌感染严重时，可能会用到头孢类抗生素，不过具体使用哪种抗生素需要医生根据病情判断，因为不同的头孢类药物抗菌谱有差异。而如果是真菌性毛囊炎特别严重，口服抗真菌药像伊曲康唑等，但口服抗真菌药有一定的肝毒性等风险，需要在医生严格评估下使用，并且要定期监测肝功能等指标。
特殊人群用药注意
儿童：儿童使用治疗毛囊炎的药物需要格外谨慎，比如儿童用莫匹罗星软膏时，要注意涂抹的范围和剂量，最好在医生指导下使用，因为儿童皮肤娇嫩，药物吸收等情况与成人不同。孕妇：孕妇如果患毛囊炎，外用药物相对安全些，像外用的莫匹罗星软膏等，一般局部使用影响较小，但如果需要口服药物，必须由医生权衡利弊，因为有些药物可能会通过胎盘影响胎儿，所以孕妇用药需严格遵医嘱。