神经性勃起功能障碍的治疗需综合多方面因素。一般来说，可通过药物治疗、心理治疗、物理治疗等方法来改善。
药物治疗方面
磷酸二酯酶5抑制剂：如西地那非等，这类药物可以通过作用于阴茎海绵体，增加海绵体血流，帮助改善勃起功能，但具体作用机制是通过抑制磷酸二酯酶5，提高环磷酸鸟苷水平，从而促使阴茎勃起。不过，使用时需要注意其可能存在的一些禁忌证，比如正在服用硝酸酯类药物的患者禁止使用。前列腺素类药物：前列地尔等前列腺素类药物也可用于神经性勃起功能障碍的治疗，它能扩张血管，增加阴茎海绵体的血流灌注。但使用时可能会有局部疼痛等不良反应。
心理治疗方面
认知行为疗法：患者可能因为勃起功能障碍产生焦虑、抑郁等心理问题，认知行为疗法可以帮助患者改变不良的认知模式和行为习惯。例如，通过引导患者正确认识性功能障碍，缓解焦虑情绪，让患者学会放松技巧来减轻心理压力。一般需要经过数周甚至数月的持续治疗。夫妻共同治疗：因为性功能障碍往往不仅仅影响患者本人，还会涉及到伴侣。夫妻共同参与治疗可以改善夫妻间的沟通，增强彼此的理解和支持。比如夫妻一起参加相关的心理辅导课程，共同面对问题，重建亲密关系。
物理治疗方面
真空负压装置治疗：通过使用真空负压装置，在阴茎根部放置负压环，使阴茎充血勃起。一般每次使用时间不宜过长，通常10 - 30分钟左右。这种方法相对比较安全，但可能会有阴茎局部不适等情况。低能量体外冲击波治疗：低能量体外冲击波可以刺激血管新生和神经修复，改善阴茎海绵体的血流和神经功能。一般需要进行多个疗程的治疗，每个疗程之间有一定的间隔时间，比如每周1 - 2次，持续数周。
综合治疗与康复
神经性勃起功能障碍的治疗通常需要综合运用上述多种方法。在治疗过程中，患者需要保持良好的生活习惯，比如戒烟限酒，适度运动，规律作息等。同时，要定期复诊，根据病情的变化调整治疗方案。对于一些存在基础疾病如糖尿病、神经系统疾病等导致的神经性勃起功能障碍，还需要积极治疗原发病，只有原发病得到控制，才能更好地改善勃起功能障碍的情况。