凌晨三点咳嗽的原因多样，主要包括咳嗽变异性哮喘、与过敏相关的疾病、肺结核、肺部感染等，且需尽快就医检查并对症治疗。
一、咳嗽变异性哮喘：这是一种特殊哮喘类型，主要表现为凌晨或夜间阵发性咳嗽，易被呼吸道感染、花粉、香烟等诱发因素诱发。治疗上可采用吸入糖皮质激素和β2受体激动剂的联合制剂，如氟替卡松、沙美特罗、布地奈德福莫特罗等。
二、与过敏相关的疾病：
1.嗜酸粒细胞性支气管炎会引发夜间和凌晨咳嗽。
2.变异性咳嗽也可导致此类情况。
三、肺结核：患者多在夜间和凌晨咳嗽，若同时出现盗汗、潮热、痰中带血等症状，肺结核的可能性极大。
四、肺部感染疾病：按照中医学中的时间医学理论，凌晨三到五点属于寅时，由肺经主宰，肺气容易宣发并刺激呼吸道，从而使肺炎、支气管炎、慢性阻塞性肺疾病等肺部感染疾病的咳嗽症状常在这段时间加重。
总之，凌晨三点咳嗽这种时间性咳嗽，需要依据具体病因和病症进行针对性治疗。