孩子肚子疼发烧可能由多种原因引起，比如常见的急性上呼吸道感染累及腹腔淋巴结时，约有10% - 15%的儿童会出现这种情况。
一、肠道感染性疾病
急性胃肠炎：多因孩子食用不洁食物导致，细菌、病毒等病原体感染肠道后，会引起胃肠黏膜炎症，出现肚子疼、发烧症状，同时可能伴有腹泻、呕吐等表现。一般病程可能持续1 - 3天左右，严重时需及时就医补液等治疗。细菌性痢疾：由痢疾杆菌引起，孩子会出现腹痛、发烧，多为脓血便，体温可高达39℃左右甚至更高，有明显的里急后重感，即频繁想排便但每次量不多。
二、外科急腹症
急性阑尾炎：较为常见，典型表现是开始为脐周疼痛，数小时后转移至右下腹固定疼痛，同时伴有发烧，体温多在38℃ - 39℃之间，查体右下腹有压痛、反跳痛等体征。肠套叠：多见于2岁以下婴幼儿，表现为突发剧烈阵发性腹痛，孩子哭闹不安，伴有呕吐，随后可排出果酱样血便，也会伴有发烧，体温一般在38℃左右。
三、其他系统疾病累及
肺炎：当孩子肺炎比较严重时，可能会出现胃肠道症状，如肚子疼，同时伴有发烧，体温可波动在38.5℃ - 40℃之间，还会有咳嗽、气促等呼吸系统表现。川崎病：多见于5岁以下儿童，除了持续发烧5天以上外，还会有眼睛结膜充血、口唇皲裂、手足硬性水肿等表现，部分孩子也会出现肚子疼症状。