药物流产不干净，可能会出现以下后果：
1.持续出血：药流后通常会有少量阴道流血，持续时间一般在1-2周。如果药流不干净，子宫内残留的组织会影响子宫收缩，导致出血时间延长，甚至出现大量出血，可能会引起贫血、休克等并发症。
2.感染：药流后如果不注意个人卫生，或过早进行性生活，容易导致细菌上行感染，引起子宫内膜炎、盆腔炎等妇科炎症。
3.月经不调：药流可能会影响卵巢功能，导致月经周期紊乱、经血量异常等。
4.残留组织残留：如果药流不干净，子宫内残留的组织可能会机化、钙化，形成宫腔粘连、子宫内膜异位症等，影响以后的生育。
如果药流后发现出血时间过长、出血量多、腹痛等异常情况，应及时就医，进行B超等检查，以确定是否药流干净。如果药流不干净，医生会根据具体情况，采取清宫手术等措施进行治疗。
此外，药流后需要注意休息，加强营养，保持外阴清洁，一个月内禁止性生活和盆浴。同时，要注意观察身体变化，如有异常应及时就医。如果对药流有任何疑问，应在医生的指导下进行。