肛瘘主要通过手术治疗，目前常用的手术方式有肛瘘切开术、肛瘘挂线术等，一般经过手术治疗多数患者可治愈。手术费用因病情复杂程度、地区等因素有所不同，大概在几千元到上万元不等。
手术治疗方式
肛瘘切开术： 适用于低位肛瘘，是将瘘管全部切开开放，靠肉芽组织生长使伤口愈合。该手术操作相对直接，能有效去除病灶。肛瘘挂线术： 多用于高位肛瘘，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。挂线过程中能较大程度保护肛门括约肌功能，减少术后肛门失禁的风险。
非手术治疗情况
药物辅助： 急性发作期可使用抗生素控制感染，如头孢类抗生素等，但药物治疗只能暂时缓解症状，不能根治肛瘘。一般是在手术前后配合使用，帮助控制炎症。坐浴护理： 可用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1 - 2次，每次15 - 20分钟，能清洁肛门局部，促进血液循环，减轻炎症反应。但坐浴只能作为辅助治疗手段，不能替代手术。
术后注意事项
创面护理： 术后要保持创面清洁，按时换药，观察创面愈合情况。一般需要每天或隔天换药，直到创面愈合。如果创面出现红肿、渗液增多等异常情况，要及时就医。饮食调整： 术后应避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等，以免刺激伤口影响愈合。要多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，防止便秘对创面造成不良影响。同时要保证足够的水分摄入，每天饮水1500 - 2000毫升左右。休息与活动： 术后要注意休息，避免剧烈运动，但也不宜长时间卧床。适当的活动有助于促进血液循环，利于创面恢复。一般建议术后早期可适当下床活动，逐渐增加活动量。