脐带囊肿造成的原因目前尚不十分明确，可能与多种因素有关。一般认为，胎儿时期脐尿管或卵黄管的残余组织发生变化可能导致脐带囊肿形成。
胚胎发育异常相关因素
脐尿管残余问题： 在胚胎发育过程中，脐尿管是连接膀胱与脐部的结构，正常情况下会在胎儿发育过程中闭锁。如果脐尿管部分残余，就可能形成脐尿管囊肿，而这种情况可能会影响脐带相关结构，进而导致脐带囊肿出现。一般胚胎发育到一定阶段（如妊娠中后期）这种异常情况可能被发现。卵黄管残余影响： 卵黄管是连接卵黄囊与原始消化管的结构，正常会退化消失。若卵黄管残余，也可能干扰脐带的正常发育，增加脐带囊肿发生的几率。
染色体异常相关关联
染色体数目异常： 有研究发现，部分脐带囊肿可能与胎儿染色体数目异常存在关联。例如，当胎儿存在21 - 三体综合征等染色体数目异常情况时，发生脐带囊肿的可能性相对增高。据统计，在一些染色体异常的胎儿筛查中，发现伴有脐带囊肿的比例有一定数据体现，但具体比例因不同研究样本等因素会有所差异。染色体结构异常： 染色体结构的异常也可能与脐带囊肿有关。某些染色体片段的缺失、重复等结构改变，可能影响脐带发育相关基因的正常功能，从而导致脐带囊肿形成。
其他可能相关因素
母体因素影响： 母体在孕期的一些情况也可能对脐带囊肿的形成有一定作用。比如母体在孕期感染某些病毒，像风疹病毒等，可能通过胎盘影响胎儿脐带的发育，增加脐带囊肿发生的风险。另外，母体孕期接触某些有害物质，如放射性物质、某些化学毒物等，也可能干扰胎儿脐带的正常发育过程，引发脐带囊肿。胎儿自身代谢因素： 胎儿自身的代谢异常也可能是诱因之一。如果胎儿在代谢过程中出现某些物质代谢紊乱，影响了脐带组织的正常代谢和结构形成，就可能导致脐带囊肿的产生。不过目前对于胎儿自身代谢因素与脐带囊肿具体关联的研究还在不断深入中。