男生尿尿疼的原因主要有以下几种：
一、尿道感染：
1.尿道炎：主要症状包括尿频、尿痛、尿急和血尿。急性发作时尿道口发红，晨起时症状加重，多次排尿后症状可减轻甚至消失，尿道口多伴有透明黏液样分泌物。
2.前列腺炎：临床表现为前列腺炎症候群。盆骶疼痛表现为疼痛一般位于耻骨上、腰骶部及会阴部，放射痛可表现为尿道、精索、睾丸、腹股沟、腹内侧部疼痛；排尿异常表现为尿频、尿急、尿痛、排尿不畅、尿线分叉、尿后沥滴、夜尿次数增多；偶尔并发性功能障碍，包括性欲减退、早泄、射精痛、勃起减弱及阳痿。
二、泌尿系统结石：早期可能无疼痛症状，随着结石增大或继发性结石增多，排入尿道时易嵌入尿道内，会出现剧烈疼痛并常放射至阴茎头部，还可出现排尿困难、尿线变细或分差，严重时会出现尿潴留，引起急迫性尿失禁，也可能出现脓尿或血尿。
三、膀胱结核：作为泌尿系结核的一部分，其症状类似。多数膀胱结核源于肾结核，早期病变常在于肾脏，早期往往无任何临床症状，随着病情发展，膀胱刺激征较为明显，表现为尿频、尿急、尿痛。
总结提示：男生尿尿疼的常见原因包括尿道感染（尿道炎、前列腺炎）、泌尿系统结石以及膀胱结核等，不同原因导致的症状各有特点。