新生儿黄疸是新生儿时期常见的现象，约60%足月儿和80%早产儿会出现生理性黄疸。新生儿黄疸主要由以下原因引起：
胆红素生成过多
红细胞数量多且寿命短： 新生儿出生时红细胞数量较多，出生后过多的红细胞被破坏，导致胆红素生成增加。胎儿在宫内处于相对缺氧环境，红细胞代偿性增多，出生后氧分压增高，过多的红细胞被迅速破坏，使胆红素产生过多。据统计，新生儿每日生成胆红素约8.8mg/kg，而成人仅为3.8mg/kg。肝肠循环特点： 新生儿肠道内正常菌群尚未建立，导致结合胆红素还原成尿胆原、粪胆原的过程受限，加之肠道内β - 葡萄糖醛酸苷酶活性较高，可将结合胆红素水解成未结合胆红素，经肠黏膜重吸收进入肝肠循环，使未结合胆红素增多，从而引发黄疸。
肝脏胆红素代谢障碍
摄取胆红素能力不足： 新生儿肝细胞内Y、Z蛋白含量低，在生后1周内才达到成人水平，因此摄取胆红素的能力有限，不能有效地将未结合胆红素转运至肝细胞内。结合胆红素能力不足： 肝细胞内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶（UDPGT）的量及活性不足，不能将未结合胆红素充分结合成结合胆红素。该酶在出生后逐渐增加，足月儿要在出生后1周左右、早产儿要到出生后3 - 5周才能达到成人水平，所以新生儿尤其是早产儿结合胆红素的能力较弱，容易导致未结合胆红素在体内积聚而出现黄疸。
胆汁排泄障碍
胆管堵塞： 新生儿胆道排泄功能不完善，若存在胆管堵塞，如先天性胆道闭锁等情况，会使结合胆红素排泄受阻，导致结合胆红素反流入血，引起黄疸。先天性胆道闭锁在新生儿中的发病率约为1/8000 - 1/14000。新生儿肝炎： 病毒感染等原因可引起新生儿肝炎，导致肝细胞功能受损及胆管阻塞，影响胆红素的排泄，进而引发黄疸。