输尿管结石的治疗方法需根据结石大小、位置等情况选择，一般直径小于6毫米的输尿管结石，约70%~80%可通过保守治疗排出。
保守治疗
大量饮水： 每天饮水量应达到2000~3000毫升以上，增加尿量，有助于小结石随尿液排出。比如可以定时定量喝水，每隔1~2小时喝200毫升左右。药物辅助： 可以使用解痉止痛药物，如阿托品等，缓解输尿管痉挛引起的疼痛；还可使用α受体阻滞剂，如坦索罗辛，有助于输尿管下段结石的排出。但药物使用需在医生指导下进行，不能自行随意用药。
体外冲击波碎石
适用情况： 适用于直径小于2厘米的输尿管中、上段结石。治疗过程： 通过X线或超声对结石进行定位，利用高能冲击波聚焦后作用于结石，使结石裂解，直至粉碎成细砂，随尿液排出体外。一般来说，一次体外冲击波碎石后，需要观察结石排出情况，若一次未碎完，可能需要再次碎石，但两次碎石间隔时间一般需要1~2周。
输尿管镜取石或碎石术
适用情况： 适用于中、下段输尿管结石，或经体外冲击波碎石失败的结石。手术方式： 经尿道插入输尿管镜，在直视下用激光、气压弹道等将结石击碎并取出。该手术创伤相对较小，恢复较快，但也存在一定风险，如出血、感染等并发症的可能。术后需要留置输尿管支架管，一般留置1~4周，具体时间根据患者情况而定。
percutaneous nephrolithotomy，PCNL（经皮肾镜取石术）
适用情况： 适用于较大的输尿管上段结石，尤其适用于直径大于2厘米的结石，或者经体外冲击波碎石及输尿管镜取石术治疗失败的结石。手术过程： 在腰部建立一条从皮肤到肾脏的通道，通过通道插入肾镜，用激光、超声等方法将结石击碎并取出。这种手术创伤相对较大，术后恢复时间相对较长，可能出现的并发症包括出血、感染、周围脏器损伤等。