卵巢囊肿的治疗需根据囊肿的性质、大小、患者年龄等因素来定。一般来说，直径小于5厘米且无明显症状的生理性囊肿，有可能在2-3个月经周期后自行消失，无需特殊治疗，但要定期复查。
生理性囊肿的观察随访
无明显症状的小囊肿： 如果是生理性卵巢囊肿，比如卵泡囊肿或黄体囊肿，直径小于5厘米，患者没有腹痛、阴道不规则出血等明显症状，通常可以定期复查B超，一般间隔1-3个月复查一次，观察囊肿是否自行消退。多数生理性囊肿会在2-3个月经周期后自然消失。
病理性囊肿的治疗方式
手术治疗情况
囊肿较大或持续存在： 若囊肿直径大于5厘米，或持续存在超过3个月，多为病理性囊肿，一般需要手术治疗。手术方式有腹腔镜手术和开腹手术等。腹腔镜手术创伤小，恢复快，通常适用于大多数符合手术指征的患者。对于年轻有生育需求的患者，会尽量保留卵巢功能；对于年龄较大、无生育需求或怀疑囊肿为恶性的患者，可能会切除患侧卵巢甚至全子宫。
药物辅助治疗
炎症性囊肿： 如果是炎症导致的卵巢囊肿，可能会使用抗生素进行辅助治疗。比如由盆腔炎性疾病引起的卵巢囊肿，会根据药敏试验选择合适的抗生素，如头孢类抗生素联合甲硝唑等，一般需要规范使用抗生素1-2周，同时结合理疗等促进炎症吸收。但药物治疗通常作为手术的辅助手段，单纯药物治疗往往难以使囊肿完全消退。
特殊人群的治疗注意
育龄期女性： 育龄期女性发现卵巢囊肿时，要考虑到对生育的影响。如果有生育计划，医生会在治疗时优先选择对卵巢功能和生育影响较小的方式。比如尽量采用保守性手术，保留正常卵巢组织，以提高受孕几率。绝经后女性： 绝经后女性出现卵巢囊肿，恶性的可能性相对较高，所以一旦发现，多建议尽早手术治疗，因为绝经后女性卵巢功能衰退，身体对囊肿的耐受性较差，恶性囊肿进展可能较快。