宝宝发烧39度且处于熟睡中，可通过饮食、冷敷、药物等方式来治疗。具体如下：
一、饮食：当宝宝发烧39度处于熟睡状态时，要叫醒孩子，然后给孩子少量多次喂温开水。这样能促进排泄，让热量被带走，从而降低体温。孩子清醒后体温调节能力会增强，对降温有帮助。
二、冷敷：宝宝发烧39度在熟睡中，还可采取冷敷的方法。可在宝宝手腕、额头、小腿处放上湿冷毛巾来降温，当冷敷的毛巾温度升高后及时更换，如此重复可起到良好的辅助治疗效果。
三、药物：若宝宝发烧39度经上述方式治疗效果不佳，可在医生指导下使用利巴韦林、阿昔洛韦、更昔洛韦等抗病毒药物，同时也可遵医嘱使用布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚等解热镇痛药物进行治疗。
总结提示：对于发烧39度且熟睡中的宝宝，可以采用叫醒喂水、冷敷以及必要时使用药物等方式来帮助降温，具体方法要根据实际情况合理选择和运用。