甲减即甲状腺功能减退症，主要是由于各种原因导致甲状腺激素合成、分泌或生物效应不足引起的。其中，自身免疫损伤是常见原因之一，像自身免疫性甲状腺炎，包括桥本甲状腺炎等，这类疾病会攻击甲状腺，使得甲状腺细胞受损，影响甲状腺激素的产生，据统计，自身免疫性因素引发的甲减占临床甲减的60% - 90%。
自身免疫相关因素
自身免疫性甲状腺炎： 除了桥本甲状腺炎，还有萎缩性甲状腺炎等自身免疫性甲状腺炎也会引发甲减。这类疾病是机体免疫系统错误地把甲状腺当作攻击对象，长期的免疫攻击会逐渐破坏甲状腺组织，致使甲状腺功能减退。遗传因素： 遗传易感性在自身免疫性甲状腺疾病导致的甲减中起到一定作用。如果家族中有自身免疫性甲状腺疾病患者，那么亲属患甲减的风险会比一般人群高。比如家族中有人患有桥本甲状腺炎，其子女患甲减的概率相对会增加，但具体的遗传方式和机制还在进一步研究中。
甲状腺破坏因素
手术切除： 因甲状腺良性或恶性疾病进行甲状腺部分或全部切除手术时，如果切除的甲状腺组织过多，剩余的甲状腺组织不能产生足够的甲状腺激素，就会引发甲减。例如，甲状腺癌患者进行甲状腺全切术后，大多需要终身补充甲状腺激素来维持正常的甲状腺功能。放射性碘治疗： 用于治疗甲状腺功能亢进症的放射性碘，在破坏甲状腺细胞治疗甲亢的同时，也可能导致甲状腺细胞受损过多，从而引起甲减。一般在放射性碘治疗后数月至数年，部分患者会逐渐出现甲减，而且随着时间推移，甲减的发生率会逐渐升高。
碘摄入异常因素
碘缺乏： 碘是合成甲状腺激素的重要原料，长期碘摄入不足会影响甲状腺激素的合成，导致甲减。在一些远离海洋的内陆地区，饮食中碘含量偏低，如果居民长期摄入碘不足，就容易患地方性甲状腺肿和甲减。比如一些山区的居民，如果饮食中主要依赖本地种植的含碘量低的食物，就可能出现碘缺乏相关的甲减。碘过量： 短期内大量摄入碘也可能引发甲减。比如长期服用含碘药物，像胺碘酮等，药物中的碘会影响甲状腺的正常功能，导致甲状腺激素合成和释放出现紊乱，进而引发甲减。还有一些地区的饮用水中碘含量过高，长期饮用也可能导致碘过量相关的甲减。