甲减即甲状腺功能减退症，主要是由于甲状腺激素合成及分泌减少，或其生理效应不足所致机体代谢降低的一种疾病。导致甲减的原因有多种，其中自身免疫损伤是较常见的因素，比如自身免疫性甲状腺炎，像慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本病），约占甲减病因的90%以上。
自身免疫因素
自身免疫性甲状腺炎： 这是引起甲减很重要的原因。体内产生了攻击甲状腺的自身抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等，这些抗体破坏甲状腺细胞，使得甲状腺不能正常合成足够的甲状腺激素。比如在一些自身免疫性甲状腺炎患者中，TPOAb阳性率可高达90%以上。其他自身免疫性疾病： 像1型糖尿病、系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，也可能伴随甲减的发生，因为这些疾病的免疫系统异常会影响甲状腺功能。
甲状腺破坏
放射性碘治疗： 用于治疗甲亢时，如果放射性碘剂量掌握不合适，过多破坏甲状腺组织，就可能导致甲减。一般在放射性碘治疗后数年，甲减的发生率会逐渐增加，有研究显示，放射性碘治疗后10年，约50% - 70%的患者会出现甲减。手术治疗： 因甲亢等疾病进行甲状腺手术时，若切除甲状腺组织过多，剩余甲状腺组织不能满足身体对甲状腺激素的需求，也会引发甲减。例如甲状腺癌患者进行甲状腺全切术后，大多需要终身补充甲状腺激素来维持甲状腺功能。
碘摄入异常
碘缺乏： 碘是合成甲状腺激素的重要原料，饮食中碘摄入不足会影响甲状腺激素的合成，从而导致甲减。在一些碘缺乏地区，人群甲减的患病率相对较高。比如在某些山区，由于土壤中碘含量低，食物中碘摄入不足，当地居民甲减的发生率比沿海地区高。碘过量： 短期内摄入大量碘，也可能影响甲状腺功能，导致甲减。比如长期大量服用含碘药物，像胺碘酮等，可能会引起甲状腺功能紊乱，出现甲减。
药物因素
抗甲状腺药物： 如甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶等，若使用剂量过大，会过度抑制甲状腺激素合成，引发药物性甲减。某些含碘药物： 除了胺碘酮，还有一些含碘的造影剂等，在使用后也可能影响甲状腺功能，导致甲减发生。