灰指甲主要通过药物治疗，常用的外用药物有阿莫罗芬搽剂，一般每周使用1-2次，连续使用数月。口服药物方面，伊曲康唑胶囊采用冲击疗法，即每月服用一周，连续数月；特比萘芬片则每天服用一次，需持续数月。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 它能抑制真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后均匀涂抹在病甲及周围皮肤上，每周使用1 - 2次，一般需要连续使用3 - 6个月才能看到较好效果。不过，它可能会引起局部皮肤轻度的刺激，如烧灼感、瘙痒等。环吡酮胺乳膏： 通过改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌细胞代谢来发挥作用。可直接涂抹在病甲上，每天使用1 - 2次，使用过程中要注意避免接触眼睛和其他黏膜部位，如不小心接触，应立即用大量清水冲洗。
口服药物治疗
伊曲康唑胶囊： 属于三唑类抗真菌药物，它可以抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响麦角固醇的合成，达到抗真菌目的。采用冲击疗法，即每月服用一周，连续服用3 - 6个月。但服用前需要检查肝功能，因为它可能会对肝功能有一定影响，有肝脏疾病的患者要慎用。特比萘芬片： 是烯丙胺类抗真菌药，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜角鲨烯的环氧化反应，影响真菌固醇的合成。每天服用一次，一般需要连续服用3 - 6个月。同样，服药前也需要关注肝功能情况，孕妇及哺乳期妇女要在医生指导下使用。
手术治疗
病甲清除术： 过去常用的方法是用手术刀将病甲逐步刮除，但这种方法痛苦较大，而且容易复发，现在已经较少单独使用，多配合药物治疗一起进行。激光治疗： 利用特定波长的激光照射病甲部位，通过热效应等原理破坏真菌细胞。一般需要多次治疗，每次治疗时间较短，治疗过程相对较舒适，不过费用相对较高，而且不是所有患者都能达到完全治愈的效果。