肾结石形成的原因较多，通常与代谢异常、局部因素、药物因素等有关。比如尿液中某些物质浓度过高，像钙、草酸、尿酸等，就容易析出形成结石。一般来说，尿液中钙浓度升高是常见诱因之一。
代谢异常相关原因
尿液成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等浓度升高时，就容易形成结石。比如尿钙排泄增多，超过了尿液的正常溶解能力，钙就会沉积形成含钙的肾结石。研究发现，约有80%的肾结石患者存在尿液成分异常的情况。 systemic acidosis（系统性酸中毒）： 会影响尿液的酸碱平衡，进而影响一些物质的溶解度，增加肾结石形成风险。比如肾小管性酸中毒患者，就比较容易长肾结石。
局部因素相关原因
尿路梗阻： 当尿路存在狭窄、肿瘤等情况时，尿液排出受阻，尿液中的结晶物质就容易在局部沉积，从而形成肾结石。像先天性肾盂输尿管连接部狭窄的患者，就比正常人更易患肾结石。尿路感染： 一些细菌、感染产物等可以作为核心，促使尿液中的矿物质沉积形成结石。比如变形杆菌感染时，细菌产生的尿素酶会分解尿液中的尿素，使尿液碱化，促使磷酸镁铵等结晶析出形成结石。
药物因素相关原因
某些药物： 一些药物服用后可能会增加肾结石形成风险。比如氨苯蝶啶，长期服用可能导致结石形成；还有维生素D、维生素C等过量服用时，也可能影响尿液成分，增加肾结石发生几率。比如长期大剂量服用维生素C，会使尿液中草酸含量增加，进而易形成草酸钙结石。