胎儿停止发育的原因有多种。据统计，约50%-60%的早期胚胎停止发育是由于染色体异常导致的，这是最常见的原因之一。
染色体因素：
父母染色体异常： 如果父母双方有一方或双方存在染色体结构或数目异常，就有可能遗传给胎儿，从而引发胎儿停止发育。比如平衡易位携带者，他们的染色体虽然总数正常，但基因排列顺序等发生了改变，就容易导致胚胎发育异常。胚胎自身染色体异常： 在胚胎发育过程中，由于各种因素影响，如受到辐射、化学物质等侵害，可能会出现染色体突变，导致胚胎自身染色体异常，无法正常发育，进而停止发育。
母体因素：
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胎儿发育至关重要。例如，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，就可能引起胎儿停止发育。一般来说，黄体期孕激素水平低于正常范围，就可能存在问题。甲状腺功能异常也会影响胎儿发育，甲状腺功能减退或亢进都可能干扰胚胎的正常生长进程。全身性疾病： 孕妇患有某些严重的全身性疾病，如严重的糖尿病未控制好、高血压、心脏病心功能不全等，会影响胎盘的血液供应和营养物质的传输，从而阻碍胎儿发育，导致停止发育。比如患有严重糖尿病的孕妇，高血糖环境不利于胚胎生长。
子宫因素：
子宫解剖异常： 子宫畸形是常见的情况，像纵隔子宫、单角子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的着床和发育空间。子宫肌瘤如果生长位置不佳，如黏膜下子宫肌瘤，会影响宫腔内环境，阻碍胚胎正常发育。另外，宫腔粘连也会对胚胎造成不良影响，宫腔粘连会使宫腔有效容积减小，限制胚胎的生长。子宫内膜病变： 子宫内膜过薄或者过厚都不利于胚胎着床。子宫内膜炎等病变会改变子宫内膜的质地和环境，影响胚胎的种植和发育，增加胎儿停止发育的风险。
免疫因素：
自身免疫异常： 孕妇自身免疫系统出现异常，产生抗磷脂抗体等自身抗体，这些抗体可能会攻击胎盘血管，导致胎盘血流灌注不足，影响胎儿的营养供应，进而引起胎儿停止发育。例如抗磷脂综合征患者，就容易出现这种情况。同种免疫异常： 母体对胎儿的免疫排斥反应过强，也可能导致胎儿停止发育。母体免疫系统不能正确识别胎儿作为“自身”成分，从而发起免疫攻击，影响胚胎的正常发育。