扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起的，其中最常见的是A组乙型溶血性链球菌，约占细菌性扁桃体炎的10%~30%。
病原体感染导致
细菌感染： 除了A组乙型溶血性链球菌，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可能引发扁桃体发炎。比如肺炎链球菌感染时，细菌会侵入扁桃体，引发局部的炎症反应，出现扁桃体红肿、疼痛等症状。病毒感染： 像EB病毒、腺病毒、鼻病毒等病毒感染也会导致扁桃体发炎。例如腺病毒感染引起的扁桃体炎，常见于儿童群体，会使扁桃体充血、肿大，还可能伴有发热等症状。
免疫力低下引发
儿童免疫力相对较弱： 儿童的免疫系统尚未完全发育成熟，更容易受到病原体的侵袭。在幼儿园等集体环境中，儿童接触病原体的机会增多，所以儿童扁桃体发炎的几率相对较高。比如3~10岁的儿童是扁桃体炎的高发年龄段。成年人免疫力下降时： 当人体过度劳累、长期睡眠不足、营养不良等情况出现时，免疫力会降低，此时细菌或病毒就容易趁虚而入，引发扁桃体发炎。例如长期熬夜加班的人，身体抵抗力下降，就比作息规律的人更易患上扁桃体炎。
邻近器官炎症蔓延
鼻炎、鼻窦炎蔓延： 鼻腔和鼻窦与扁桃体位置邻近，若患有鼻炎、鼻窦炎，炎症容易向周围蔓延，波及扁桃体。比如鼻炎患者鼻腔内的炎症分泌物可能会倒流至扁桃体，刺激扁桃体引发炎症。咽炎蔓延： 咽炎和扁桃体炎关系密切，咽炎的炎症如果没有得到有效控制，也会逐渐蔓延到扁桃体，导致扁桃体发炎。例如慢性咽炎患者，如果炎症持续存在，就可能引发扁桃体的继发性炎症。