脂肪瘤的病因目前尚不十分明确，可能与多种因素有关。一般认为，遗传因素可能起到一定作用，有研究显示部分脂肪瘤患者有家族史；脂肪代谢异常也可能是诱因之一，当体内脂肪代谢出现紊乱时，脂肪细胞异常增生聚积，就有可能形成脂肪瘤；另外，慢性炎症刺激、全身脂代谢异常等也可能与脂肪瘤的形成存在关联。
遗传因素相关
部分脂肪瘤具有一定的遗传倾向。如果家族中有亲属患有脂肪瘤，那么其家族成员患脂肪瘤的风险可能会相对较高。不过，这并不意味着一定会发病，只是相比没有家族史的人群，发病几率会有一定程度的增加。
脂肪代谢异常方面
当人体的脂肪代谢出现紊乱时，比如身体对脂肪的分解、合成等过程失衡，就容易导致脂肪细胞异常增殖。例如，长期摄入过多高脂肪、高热量的食物，而身体消耗又较少时，就可能影响脂肪代谢，为脂肪瘤的形成创造条件。像一些长期久坐、缺乏运动且饮食不节制的人，就更容易出现脂肪代谢异常，进而增加脂肪瘤的发生风险。
慢性炎症刺激影响
慢性炎症的长期刺激也可能诱发脂肪瘤。例如，局部组织长期受到炎症因子的影响，可能会导致脂肪细胞的生长调节出现紊乱，使得脂肪细胞异常聚集形成脂肪瘤。一些有局部慢性炎症病史的部位，相对来说更有可能长出脂肪瘤。比如皮肤表面曾有过长期不愈的炎症，就可能增加该部位出现脂肪瘤的可能性。