卵巢囊肿的引起原因较多，其中生理性囊肿较为常见，比如卵泡囊肿，通常是卵泡发育到一定阶段没有破裂排卵，持续存在形成囊肿，一般直径多在5厘米以内，多数会在月经来潮后自行消失。
内分泌因素引起
激素失衡影响： 卵巢是产生卵子并分泌激素的重要器官，当体内激素失衡时易引发囊肿。比如子宫内膜异位到卵巢上，就会形成巧克力囊肿，这与雌激素水平异常等内分泌变化有关。女性在月经周期、孕期等特殊生理阶段，内分泌波动较大，也可能促使囊肿形成。垂体功能异常： 垂体分泌的促性腺激素如果出现异常，会干扰卵巢的正常功能。例如垂体瘤患者，垂体功能紊乱，影响卵巢激素分泌和排卵等过程，增加卵巢囊肿发生的风险。
生活方式因素导致
不良饮食习惯： 长期饮食结构不合理，高胆固醇饮食、缺乏维生素等，都可能影响卵巢的正常代谢功能。有研究发现，长期摄入过多高脂、高糖食物的人群，卵巢囊肿发生率相对较高。长期精神压力： 现代社会女性面临工作、生活等多方面压力，长期精神紧张会影响内分泌系统。当内分泌失调时，卵巢组织容易异常增生，进而诱发囊肿。长期压力大的女性，卵巢囊肿发病几率比心态平和的人要高一些。
炎症刺激引发
盆腔炎症影响： 盆腔炎性疾病如果没有得到及时有效的治疗，炎症长期刺激卵巢，会导致卵巢组织粘连、包裹，形成囊肿。比如输卵管卵巢脓肿，如果炎症迁延不愈，就可能发展为卵巢囊肿样改变。其他炎症波及： 阑尾炎等邻近器官的炎症，也可能通过直接蔓延等方式波及卵巢，引起卵巢局部炎症反应，逐步引发囊肿。如果阑尾炎患者没有规范治疗，炎症扩散累及卵巢，就可能增加卵巢囊肿的发生几率。