直肠炎的治疗药物需根据病因等情况选择，一般来说，常用的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素、免疫抑制剂等。例如氨基水杨酸制剂中的柳氮磺吡啶，可用于轻、中度直肠炎的治疗。
氨基水杨酸制剂类药物
柳氮磺吡啶： 适用于轻、中度直肠炎患者，它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制炎症反应。美沙拉嗪： 也属于氨基水杨酸制剂，有口服剂型和灌肠剂型，对于直肠炎，灌肠剂型可直接作用于直肠病变部位，发挥抗炎作用。
糖皮质激素类药物
氢化可的松： 可局部使用灌肠的方式治疗直肠炎，能迅速减轻炎症反应，但长期使用可能会有一些副作用，如增加感染风险等。泼尼松龙： 一般在氨基水杨酸制剂疗效不佳时考虑使用，通过抑制免疫反应来减轻炎症，但需注意其可能导致的血糖升高、骨质疏松等不良反应。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的直肠炎患者，它通过抑制免疫系统来发挥作用，但起效相对较慢，且可能会引起骨髓抑制等不良反应，用药期间需定期监测血常规等指标。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制类似，也可用于直肠炎的治疗，使用时同样要密切关注药物的不良反应。
对症治疗药物
止泻药： 若直肠炎患者伴有腹泻症状，可使用蒙脱石散等止泻药，蒙脱石散能吸附肠道内的毒素和病菌，保护肠道黏膜，起到止泻作用。调节肠道菌群药物： 如双歧杆菌四联活菌片等，直肠炎可能会导致肠道菌群失调，补充肠道益生菌有助于恢复肠道正常菌群，改善肠道功能。