小腹一阵一阵疼可能由多种原因引起。比如女性生理期时，约60%-90%的女性会有经期腹痛，这种疼痛多在月经来潮后开始，最早出现在经前12小时，以行经第1日疼痛最剧烈，持续2-3日后缓解。
妇科相关原因
痛经： 除了上述经期出现的腹痛，原发性痛经还可能与子宫内膜前列腺素含量增高有关，前列腺素F2α和前列腺素E2含量升高是造成痛经的主要原因。而继发性痛经多见于子宫内膜异位症、子宫腺肌病等疾病，子宫内膜异位症是具有生长功能的子宫内膜出现在子宫腔被覆黏膜以外的身体其他部位，异位的内膜可侵犯全身任何部位，但绝大多数位于盆腔脏器和壁腹膜，以卵巢、宫骶韧带最常见。宫外孕： 宫外孕也会导致小腹一阵一阵疼，多在停经6-8周后出现不规则阴道流血，量少呈点滴状，少数人阴道流血量较多，类似月经，阴道流血可伴有蜕膜碎片排出。腹痛是宫外孕的主要症状，在输卵管妊娠发生流产或破裂之前，由于胚胎在输卵管内逐渐增大，常表现为一侧下腹部隐痛或酸胀感；当发生输卵管妊娠流产或破裂时，突感一侧下腹部撕裂样疼痛，常伴有恶心、呕吐。
肠道方面原因
肠炎： 急性肠炎多由饮食不当引起，如食用被细菌或毒素污染的食物，细菌在肠道内繁殖产生毒素，刺激肠道黏膜引起腹痛，疼痛多为阵发性，同时伴有腹泻，每天排便数次至十余次，大便多为黄色水样便，可含有黏液。慢性肠炎则病程较长，腹痛也是阵发性，可能伴有腹胀、食欲不振等症状，常见的慢性肠炎如溃疡性结肠炎，多呈反复发作的慢性病程，发作期与缓解期交替，消化系统表现主要有腹泻，轻者每日排便2-4次，重者每日10余次，粪便呈黏液、脓血便等。肠痉挛： 多见于儿童，可因腹部受凉、进食过多或食物生冷等因素诱发。肠道平滑肌强烈收缩导致小腹一阵一阵疼，疼痛部位以脐周为主，发作突然，持续时间不等，可自行缓解，缓解后孩子精神状态一般较好，可能伴有呕吐等症状。
泌尿系统原因
输尿管结石： 当输尿管内有结石时，结石会刺激输尿管平滑肌，引起痉挛性疼痛，疼痛常突然发作，呈阵发性，可向会阴部放射，疼痛程度较为剧烈，患者还可能伴有血尿，血尿可为镜下血尿或肉眼血尿，同时可伴有恶心、呕吐等症状。结石较小的患者，通过大量饮水、适当运动可能促进结石排出；如果结石较大，可能需要进行体外冲击波碎石或手术治疗。