巴氏腺囊肿的治疗方法需根据囊肿大小、症状等情况来定。一般较小且无症状的囊肿可先观察，较大或有症状的可能需要手术等治疗。
观察等待情况
如果巴氏腺囊肿较小，没有明显症状，比如囊肿直径在3厘米以内，且没有疼痛、红肿等不适，那可以选择观察等待。但要注意保持外阴清洁，每天用温水清洗外阴，避免穿过紧的裤子，减少局部摩擦。不过要定期复查，观察囊肿是否有变化。
药物治疗情况
当巴氏腺囊肿伴有感染时，会出现红肿、疼痛等症状，这时候可能需要使用抗生素来抗感染。常用的抗生素有头孢类等。比如囊肿局部红肿疼痛明显，经医生评估后可能会开具头孢克肟等抗生素，但使用抗生素要在医生指导下，不能自己随意用药。不过药物治疗一般是作为辅助手段，对于较小的囊肿可能有一定效果，但如果囊肿较大，单纯药物治疗往往不够。
手术治疗情况
- 造口术：如果囊肿较大，直径超过3 - 4厘米，或者经常反复发作感染，这时候可能需要做巴氏腺囊肿造口术。这种手术是在囊肿上切开一个小口，让囊肿内的液体流出，然后使囊腔开放，这样可以防止囊肿再次堵塞。手术一般在门诊就可以进行，术后要注意保持外阴清洁，按照医生要求换药等。
- 切除术：对于少数反复发作、囊肿较大且情况复杂的患者，可能会考虑巴氏腺囊肿切除术，但这种手术相对较少用，因为切除术可能会破坏巴氏腺的正常功能，不过在特定严重情况下会采用。