怀孕48天早上有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕初期，胚胎着床不稳定，过度劳累、性生活、孕酮值低等因素可能导致先兆流产，出现阴道少量流血，血液在阴道内停留时间较长，可呈现褐色。此时需及时就医，医生一般会建议进行保胎治疗，常用的保胎药物有黄体酮胶囊、地屈孕酮片等。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为宫外孕，以输卵管妊娠最常见。宫外孕时，胚胎发育不良，随着孕囊的生长，会导致输卵管破裂，引起阴道出血，颜色可为褐色。宫外孕是一种非常危险的情况，需要及时就医，医生会根据具体情况选择手术治疗或药物治疗。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性妊娠滋养细胞疾病，与卵子或精子的异常有关。停经后阴道流血是葡萄胎的典型症状，多为暗褐色，还可能伴有子宫异常增大、变软，血清HCG水平异常升高等。确诊后需及时清宫，并定期复查。
4.其他：宫颈息肉、宫颈炎等也可能导致怀孕后阴道出血。
此外，一些全身性疾病，如血小板减少性紫癜、再生障碍性贫血等，也可能引起怀孕后阴道出血。
总之，怀孕48天早上有褐色分泌物是一种异常情况，需要及时就医，进行相关检查，如B超、血HCG、孕酮等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅。