孕48天有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：孕早期胚胎着床不稳定，过度劳累、性生活、孕酮水平低等因素可能导致先兆流产，出现阴道少量褐色分泌物。此时需要及时就医，进行孕酮、B超等检查，医生一般会建议卧床休息、使用黄体酮等保胎药物。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为宫外孕，以输卵管妊娠最常见。宫外孕时，胚胎发育不良，随着孕囊生长，会导致输卵管破裂，引起阴道出血，颜色可为褐色。宫外孕是一种非常危险的情况，可能导致大出血，甚至危及生命。因此，一旦出现停经后阴道出血，应及时就医，通过B超等检查明确是否为宫外孕。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性妊娠滋养细胞疾病，与卵子或精子的异常有关。停经后阴道出血是葡萄胎的常见症状，出血量可多可少，血液在宫腔内存留时间较长时可呈褐色。B超检查可协助诊断葡萄胎。确诊后需及时清宫，并定期复查。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生形成的赘生物，质地脆弱，容易因触碰而出血，表现为性生活或妇科检查后阴道出血，也可表现为褐色分泌物。较小的宫颈息肉通常无明显症状，较大的息肉可能会引起白带增多、血性白带或接触性出血。宫颈息肉可通过妇科检查发现，确诊后通常采用息肉摘除术。
5.其他：阴道炎、宫颈炎、子宫内膜息肉等也可能导致阴道分泌物异常。
孕48天有褐色分泌物可能会对胎儿产生一定影响，如增加流产的风险。但具体影响程度因人而异，需要及时就医，明确原因，并采取相应的措施。
如果出现孕48天有褐色分泌物的情况，建议及时就医，进行相关检查，如孕酮、B超、血HCG等，以明确原因。同时，应注意休息，避免劳累和性生活，保持外阴清洁。如果是先兆流产等情况，需要在医生的指导下进行保胎治疗。如果是宫外孕等情况，需要及时处理，以保障孕妇的生命安全。