性生活后疼痛可能由多种原因引起。一般来说，女性性生活后疼痛可能约30%与生殖道局部因素有关，男性则可能有不同情况。
女性方面的常见原因
生殖道损伤：
处女膜撕裂： 初次性生活时，约80%的女性会出现处女膜撕裂，会有短暂疼痛和少量出血，一般1 - 2天可缓解。如果撕裂严重可能需要就医处理。阴道痉挛： 部分女性可能因紧张、焦虑等心理因素，在性生活时出现阴道痉挛，导致性生活后疼痛，这种情况可能持续数小时甚至更久。
感染因素：
阴道炎： 如细菌性阴道炎，约50%的患者性生活后会加重阴道不适疼痛，同时伴有阴道分泌物增多、有鱼腥味等症状。霉菌性阴道炎也会引起性生活后疼痛，还会有外阴瘙痒、白带呈豆腐渣样等表现。宫颈炎： 慢性宫颈炎患者性生活后可能出现下腹坠胀疼痛，还可能有白带增多、接触性出血等情况，约20% - 30%的宫颈炎患者有此类表现。
男性方面的常见原因
生殖系统损伤：
阴茎损伤： 性生活时动作过于粗暴可能导致阴茎海绵体白膜破裂，会突然出现阴茎剧烈疼痛，随后阴茎肿胀淤血，这种情况需立即就医，否则可能影响阴茎功能。阴囊损伤： 性生活中阴囊受到撞击等，可能出现阴囊疼痛，受伤后阴囊会出现肿胀、淤血等表现。
感染因素：
前列腺炎： 慢性前列腺炎患者性生活后可能出现会阴部、下腹部隐痛不适，还可能伴有尿频、尿急、尿不尽等症状，约40% - 50%的慢性前列腺炎患者有性生活后疼痛的情况。附睾炎： 性生活过于频繁或不注意卫生等可能引发附睾炎，性生活后附睾部位疼痛明显，同时附睾会肿大、触痛。