母乳性腹泻通常是因为母乳中含有较多的前列腺素以及乳糖引起的。据研究，约有20%左右的母乳喂养儿会出现母乳性腹泻情况。
母乳成分相关因素
前列腺素含量高：母乳中的前列腺素E2含量较高，它能促进小肠平滑肌运动，增加水和电解质的分泌，从而导致腹泻。这种情况在母乳喂养的小婴儿中较为常见，一般婴儿精神状态良好，体重增长也正常。乳糖不耐受：部分婴儿体内缺乏乳糖酶，无法完全消化母乳中的乳糖。未被消化的乳糖在肠道内被肠道细菌分解发酵，产生气体，引起腹胀、腹泻等症状。不过这种乳糖不耐受导致的母乳性腹泻，婴儿一般除了腹泻外，可能还会伴有腹胀、屁多等表现。
婴儿自身生理特点因素
肠道发育不完善：婴儿的肠道发育还不够成熟，消化功能相对较弱。对于母乳中的一些成分，消化吸收能力有限，尤其是对于脂肪等营养物质的消化。当母乳中的营养成分不能被充分消化吸收时，就可能出现腹泻情况。比如婴儿的肠黏膜绒毛较短，刷状缘酶活性较低等，影响了对母乳中营养物质的消化吸收。肠道菌群不稳定：婴儿肠道内的菌群还处于建立和调整阶段，不稳定。如果肠道菌群失调，就可能影响对母乳的消化，导致腹泻。例如出生后肠道菌群尚未完全建立，有益菌数量较少时，就容易出现消化功能紊乱引发腹泻。
其他可能因素
母亲饮食影响：母亲的饮食也可能对婴儿的母乳性腹泻有一定影响。如果母亲吃了过多生冷、油腻或刺激性食物，这些食物成分可能会通过母乳传递给婴儿，影响婴儿的肠道功能，导致腹泻。比如母亲吃了大量冰淇淋后，婴儿可能出现腹泻症状。环境因素：婴儿所处的环境温度不适宜也可能间接导致母乳性腹泻。比如环境温度过低，婴儿腹部着凉，会影响肠道的正常蠕动和消化功能，从而出现腹泻。一般环境温度低于20℃时，婴儿就可能因腹部着凉出现肠道功能紊乱相关的腹泻情况。