直肠脱垂的治疗方法需根据病情严重程度等因素选择，一般来说，轻度直肠脱垂可通过非手术治疗改善，中重度可能需要手术干预。
非手术治疗
一般治疗：
儿童直肠脱垂： 5岁以下儿童有自愈倾向，主要是通过改善排便习惯等。比如让孩子养成每天定时排便的好习惯，排便时间控制在5分钟以内。同时，增加膳食纤维摄入，像多吃香蕉、苹果、芹菜等，保证每天摄入膳食纤维25~35克左右，以保持大便通畅。成人轻度脱垂： 也可通过改善生活方式来缓解。避免长时间蹲厕，每次排便时间最好不超过10分钟。另外，进行提肛运动，每天早晚各做一次，每次持续10~15分钟，通过收缩肛门，增强盆底肌肉力量。
药物治疗：
中药治疗： 一些中药方剂对直肠脱垂有一定作用。比如补中益气汤加减，具有补中益气升提的功效。但中药的使用需要在中医师的辨证论治下进行，根据患者的具体症状、体征等进行个体化用药。硬化剂注射： 对于成人轻度直肠脱垂，可采用硬化剂注射治疗。常用的硬化剂有5%苯酚植物油等。注射时将硬化剂注射到直肠黏膜下或直肠周围，使黏膜与肌层粘连，直肠与周围组织固定。但注射时要注意避免并发症，如感染、坏死等。
手术治疗
经腹手术：
直肠悬吊固定术： 适用于成人完全性直肠脱垂。通过将直肠悬吊固定在骶骨前筋膜等部位，增强直肠的固定性。手术需要在全身麻醉下进行，手术时间一般在1~3小时左右，术后需要住院观察3~7天。直肠前壁折叠术： 也是治疗直肠脱垂的一种手术方式。通过折叠直肠前壁，加强直肠前壁的支持力量。该手术的复发率相对较低，但也存在一定的手术风险，如出血、感染等。
经会阴手术：
肛门环缩术： 适用于年老体弱不能耐受较大手术的患者。通过放置硅胶环或尼龙网环，缩窄肛门，防止直肠脱垂。手术操作相对简单，术后恢复较快，一般术后1周左右可出院，但可能存在环移位等并发症。直肠黏膜环切术： 对于部分直肠脱垂患者可采用该手术。通过切除脱垂的直肠黏膜，然后进行吻合，达到治疗目的。但手术需要严格掌握适应证，避免出现直肠狭窄等并发症。