卵巢包块的治疗需根据包块的性质、大小等情况来定。如果是直径小于5厘米的生理性卵巢包块，有可能会自行消失，通常不需要特殊治疗，定期（一般间隔3~6个月）复查B超观察变化即可。
生理性卵巢包块的处理
排卵相关包块：女性在排卵后形成的黄体囊肿，多数为生理性，一般无需干预，多数会在2~3个月经周期内自行消失，复查时需关注包块变化情况。滤泡囊肿：卵泡发育异常形成的滤泡囊肿，若包块较小且无症状，也可先观察，等待其自然消退。
病理性卵巢包块的治疗
卵巢巧克力囊肿：对于有生育要求且包块较小的患者，可先尝试药物治疗，如使用GnRH-a类药物，抑制卵巢功能，使异位内膜萎缩。而对于包块较大、症状明显或药物治疗无效的患者，可能需要手术治疗，手术方式有腹腔镜手术等。卵巢肿瘤：如果是良性卵巢肿瘤，若包块较大（直径超过5厘米）或有恶变倾向，通常需要手术切除，手术方式根据患者年龄、生育需求等选择单侧附件切除或患侧卵巢肿瘤剥除术等。如果是恶性卵巢肿瘤，需要综合手术、化疗、放疗等多种手段治疗，手术是首要治疗措施，术后根据病理类型等情况进行辅助化疗等。
特殊情况的处理
绝经后女性卵巢包块：绝经后女性发现卵巢包块，由于此时发生恶性肿瘤的风险相对较高，一般建议积极手术治疗，因为绝经后卵巢功能衰退，包块不太可能自行消失，且恶性的可能性较大。伴有急腹症的卵巢包块：如果卵巢包块引起急腹症，如包块扭转导致剧烈腹痛等情况，需急诊手术治疗，尽快解除扭转，恢复卵巢血运，避免卵巢坏死等严重后果。