怀孕初期孕酮低的原因主要包括黄体功能不足、甲状腺功能失调以及生理性因素。具体如下：
一、黄体功能不足。当黄体功能出现异常时，会导致孕酮值降低，甚至在25ng/ml以下。这时需要到医院检查，明确究竟是内分泌疾病、胚胎染色体异常还是其他原因引起的，以便进一步采取治疗措施。
二、甲状腺功能失调。孕妇甲状腺功能失调后，体内会出现胰岛素抗体，进而导致孕酮水平低下。
三、生理性因素。孕酮作为一种释放性激素，在不同时间测量其数值可能会有较大变化。
对于怀孕初期孕酮低的治疗方法有以下这些：
1.生活方面。可多吃富含维生素、豆类和果胶类食物，饮食以清淡为主，多补充叶酸以调节体内分泌。要注意休息，每天坚持适度活动身体，避免性行为，保持心情舒畅，不要过度忧郁。
2.药物治疗。可以服用黄体酮胶囊药物，或通过肌肉注射来及时补充黄体酮，从而改善孕酮过低的情况。如果情况过于严重，则要根据医生建议进行保胎治疗，最好卧床休息，避免各类剧烈活动。具体用药需根据医师嘱托进行。
总之，怀孕初期孕酮低的原因多样，要根据具体情况进行分析和治疗，同时孕妇在生活中要做好各方面的调整和注意。