阴茎根部长了一颗小肉粒可能是尖锐湿疣、珍珠状阴茎丘疹、传染性软疣等原因引起的，以下是这些情况的具体介绍：
1.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。主要表现为阴茎根部长出单个或多个淡红色小丘疹，逐渐增大、增多，表面凹凸不平，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起。可以通过醋酸白试验、HPV检测等明确诊断。治疗方法包括外用药物（如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等）、物理治疗（如激光、冷冻、电灼等）和手术治疗等。
2.珍珠状阴茎丘疹：病因尚未明确，可能与包皮过长、局部刺激等有关。主要表现为阴茎冠状边缘和冠状沟出现珍珠状、半透明丘疹，无明显自觉症状。一般不需要治疗，若患者有治疗需求，可通过激光、冷冻等物理方法去除丘疹。
3.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，可通过直接接触或间接接触传播。主要表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。治疗方法主要是刮除疣体，然后外用碘酊等防止复发。
如果发现阴茎根部长了一颗小肉粒，建议及时就医，明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，避免搔抓患处，以防传染。