阴茎根部长了一颗小肉粒可能是尖锐湿疣、珍珠状阴茎丘疹、传染性软疣等原因引起的，以下是可能的原因、影响和建议的处理方法：
1.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。通常表现为阴茎、龟头、冠状沟等部位的疣状赘生物，可单发或多发，颜色可为肤色、粉色或灰白色。尖锐湿疣可能会逐渐增大、增多，影响性生活，并且具有传染性，可通过性接触传播给他人。治疗方法包括物理治疗（如冷冻、激光、电灼等）、外用药物治疗（如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等）和系统治疗（如抗病毒药物、免疫调节剂等）。
2.珍珠状阴茎丘疹：病因尚未明确，可能与生理发育变异、局部刺激等有关。表现为阴茎冠状缘边缘有珍珠状、半透明的丘疹，环绕阴茎冠状边缘排列成一行或数行。珍珠状阴茎丘疹一般无自觉症状，对健康无影响，无需特殊治疗。
3.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，可通过直接接触或间接接触传播。表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。传染性软疣可通过搔抓自身接种，导致疣体增多。治疗方法主要是刮除疣体，然后涂抹药物（如碘酊、三氯醋酸等）。
4.其他：阴茎根部长了一颗小肉粒还可能是皮脂腺异位症、脂肪瘤、纤维瘤等原因引起的。
如果发现阴茎根部长了一颗小肉粒，建议及时就医，明确诊断，并根据具体情况选择合适的治疗方法。同时，要注意保持局部清洁卫生，避免搔抓和摩擦，避免不洁性生活。