造成男性阴茎根部疼痛的原因有很多，包括病理性因素以及不良习惯等。
一、病理性因素：
1.前列腺炎：前列腺炎会引发一系列包括神经、生理、心理方面的不适症状，像盆腔疼痛综合征，会有阴囊坠胀、肛门坠胀不适以及下腹酸胀，还有尿频、尿急等表现。前列腺炎患者可能会出现阴茎根部疼痛，甚至这种疼痛还会放射到阴茎头部。
2.阴茎自身病变：阴茎静脉曲张或阴茎硬结症的患者，由于会对阴茎神经和阴茎血管形成压迫，此时就容易出现阴茎根部肿胀，进而导致阴茎根部疼痛。另外，若是阴茎根部皮肤发生感染，比如生殖器疱疹或者是水痘-带状疱疹病毒导致局部皮肤病变，也会引发疼痛症状，在疼痛部位能看到散在或聚集成簇的疱疹。
3.泌尿系结石：泌尿系结石在排石过程中，当结石梗阻或者停留在阴茎根部时，会致使阴茎根部疼痛，这种疼痛常常可放射至阴茎龟头、小腹部等部位。
4.局部外伤：阴茎根部遭受暴力撞击或者性生活过于粗暴，都能引起阴茎根部疼痛。此外，各种蚊虫如蚊子、虱子、跳蚤、蜱虫、螨虫、隐翅虫、蚂蚁等的叮咬也可能造成阴茎根部疼痛。
二、不良习惯：
1.性生活或手淫过度：在过于频繁的性生活中，阴茎勃起依赖于根部肌肉的反复收缩，从而就导致了阴茎根部疼痛，一般情况下休息后可自然缓解。还有一些男性由于过度频繁的手淫，也会导致阴茎根部疼痛不适。
总之，男性阴茎根部疼痛的原因多样，需要根据具体情况进行分析和诊断，以便采取合适的治疗措施。